La Naturopatia si usa per ottenere un benessere psicofisico generale grazie alla forza degli elementi naturali (alimentazione, uso di piante officinali, pratiche di purificazione e disintossicazione, modalità di pensiero positivo). La naturopatia (vis medicatrix naturae) è alla base di quasi tutte le tecniche terapeutiche della medicina non convenzionale: omeopatia, agopuntura, oligoterapia, nutriterapia, kinesiologia, osteopatia, fitoterapia, aromaterapia, idroterapia, biorisonanza, chiropratica ecc.... stimola la capacità che ha l'organismo di guarire se stesso quando viene avviato nella giusta direzione. Queste tecniche agiscono sull'intero organismo; l'intervento terapeutico non si limita alla funzione alterata, ma si propone di ristabilire l'armonia fra la parte ammalata e il tutto, favorendo i processi difensivi propri dell'organismo.
Se non si è già consolidata una patologia organica, lesionale, e se le risorse autoriparative e di difesa del paziente sono buone, si può riequilibrare il terreno optando per il solo trattamento naturopatico.  Diversamente le  medicine naturali possono essere di sostegno per favorire la guarigione, ridurre l'assunzione di farmaci e minimizzarne gli effetti collaterali. La medicina convenzionale (allopatica, ufficiale) è insostituibile nelle terapie d'urgenza e nelle gravi patologie dove l'iperspecializzazione ha una sua precisa giustificazione. In questo caso la persona diventa essenzialmente "paziente". La medicina non convenzionale, essendo olistica, richiede invece la partecipazione attiva della persona ai processi di guarigione contrapponendo il proprio dinamismo psichico alla malattia.

Capita molto spesso che ci si rivolga alla medicina non convenzionale, soltanto dopo il fallimento delle terapie della medicina ufficiale, quando invece bisognerebbe fare il contrario. E' compito del professionista serio e preparato giudicare se la patologia può essere affrontata con le terapie naturali o se il paziente deve essere subito indirizzato da un medico convenzionale.
Differentemente, le tecniche terapeutiche della medicina convenzionale si sostituiscono, inibendoli, ai meccanismi di risposta dell'organismo e affrontano la malattia o i suoi sintomi. Si tratta di un approccio indubbiamente efficace nel trattamento di alcune patologie, ma l'utilizzo di farmaci che combattono in modo diretto i sintomi, perdendo di vista l'individuo nella sua globalità, senza risalire alla causa primaria che ha provocato l'evento patologico, cura la malattia e non il malato. Sopprimere il sintomo non è guarire e quindi può aprirsi la strada a malattie croniche e anche iatrogene.
Secondo la medicina convenzionale ogni malattia infettiva ha un'eziologia propria, e con l'identificazione dell'agente causale volta a volta responsabile, è possibile curarla con un farmaco distruggendo il microrganismo, uniformando sintomi e pazienti. Per la medicina non convenzionale, batteri, virus, e altri microrganismi patogeni, hanno un'importanza minore nella genesi delle malattie infettive in quanto possono moltiplicarsi solo se il terreno, alterato, ne permette l'attecchimento. Pur non negando l'utilità degli antibiotici nelle grandi sindromi infettive, la medicina non convenzionale ricorre agli oli essenziali per combattere i batteri in quanto gli antibiotici possono creare ceppi resistenti e debilitare l'organismo umano. Le essenze invece esercitano un'azione antibatterica specifica senza influire minimamente sulla funzionalità dell'organismo e senza creare ceppi resistenti.
Un esempio eloquente può essere quello delle affezioni cutanee. Un problema infettivo cutaneo (micosi, foruncoli, acne) può essere "risolto" con un trattamento farmacologico locale. Per la medicina naturopatica, la pelle esprime lo stato interno dell'organismo; è un organo emuntorio e bloccare la sua funzione emuntoriale con la cura sintomatica può provocare una patologia differente. Pertanto sopprimendo i germi senza agire sullo squilibrio interno, causa dell'affezione, si rischia di trasferire il problema altrove.
Se per la medicina convenzionale molte manifestazioni acute sono considerate malattie da combattere con le armi farmacologiche, per la medicina non convenzionale sono considerate crisi positive in quanto sono l'espressione della reazione di difesa dell'organismo contro le tossine accumulate e i danni che hanno provocato. La febbre è considerata una preziosa reazione di depurazione e non deve essere sempre repressa con gli antipiretici che non consentirebbero di espellere le tossine. Se le fasi di reazione e di escrezione vengono bloccate ripetutamente, l'organismo cercherà comunque di compensare i danni che ha subito e che non ha potuto eliminare, e a distanza di anni , se non s'interviene sul terreno del paziente, si passerà alle fasi di deposito e d'impregnazione. Perdurando la situazione, si arriverà alle fasi degenerative.
E' molto importante però saper valutare se queste manifestazioni acute sono veramente crisi positive oppure se possono sopraffare le difese dell'organismo. E' necessario pertanto avere una precisa diagnosi di tipo convenzionale e conoscere il terreno biologico del paziente con una diagnosi naturopatica che comprenda almeno l'anamnesi molto particolareggiata, attuale, remota e familiare, l'esame obiettivo e l'esame iridologico. Queste prime indagini consentono di accertare l'integrità funzionale dell'organismo, di determinare la sua vitalità generale o la sua debolezza, e d'individuare la diatesi di appartenenza cioè la predisposizione a sviluppare determinate malattie che dipendono dalla costituzione genetica e dai fattori ambientali (stile di vita, alimentazione, clima, luogo, ecc...). I test bioelettronici o kinesiologici e il mineralogramma possono dare delle indicazioni più precise sulla salute globale del paziente.