Dalla teoria delle trasformazioni osservata sperimentalmente, gli Alchimisti conclusero che la maggiore o minore perfezione della materia dipendeva dallo stato di maturità da essa raggiunto. La alchimia fu pertanto considerata l'arte di distruggere i composti che la natura ha formato in modo imperfetto al fine di migliorare la loro natura purificandoli modificandone le proprietà temporanee al fine ultimo di raggiungere la perfezione assoluta. Il simbolismo di ogni trasformazione alchemica fu concepito nell'ambito della idea che l'uomo, che è parte della natura, proponendosi il ruolo di ordinatore del tempo dello sviluppo naturale, potesse aiutare, la natura ad accelerare i tempi di evoluzione prestabiliti dagli influenze celesti.
L'Alchimia è stata una cultura di antichissima formazione. Già si conoscono tracce del pensiero alchemico fin dalla età del ferro ed in particolare dalla antica cultura della Cina..
La parola Alchimia è pure incerta si ritiene infatti che la etimologia venga da Al ( = il in arabo), e Kimia (la terra del "Kamel" = il cammello, cioè l'odierno Egitto; oppure il suolo del "Kem-it", che significa "nero", e che quindi si riferisce all'aspetto scuro della terra fertile dell'Egitto, altri ritengono invece che Alchimia possa derivare dal vocabolo greco "chyma" (che significa : scioglimento -fusione).
L'Alchimia Cinese si fondò sulla base della alternanza di due principi complementari detti YANG-YIN - che generavano una unione di opposti YANG (Cielo - Sole - Maschio) (YIN -Terra- Luna -Femmina), capaci di realizzare tra di loro inversione di proprietà attive e passive generalmente simbolizzata da un cerchio in cui una doppia spirale a rotazione inversa genera un polo nero in un semi-campo bianco e viceversa un polo bianco nell'altro semi-campo nero
Nella cultura Mediterranea venne considerato fondatore dell'Alchimia Ermete Trimegisto (nome che significa il Re tre volte Grande) una figura probabilmente immaginaria a cui furono attribuite numerose scritture; all'epoca dell'antico Egitto, Ermete fu spesso identificato con una divinità che possiede la conoscenza di tutte le arti e le scienze sacre e segrete della mummificazione dei corpi.
Già gli alchimisti egiziani avevano notato che la terra nera nel Nilo doveva la sua fertilità all' "humus ", residuo della macerazione di foglie alberi ed animali morti. Avevano anche capito che le piante venivano mangiate dagli animali erbivori e che i carnivori mangiavano gli erbivori e cioè che l'uomo apparteneva a questa catena alimentare biologica, dove ogni essere vivente, quando si decomponeva ritornava in ciclo. Pertanto al fine di evitare la "reicarnazione" dei resti umani in seguito a "trasmutazioni periodiche" dell'humus, essi svilupparono la Alchimia per mummificare i corpi dei morti, in modo che il corpo mummificato alchemicamente rimanesse inalterato dopo la morte; gli egizi chiusero infatti le mummie in tombe serrate " ermeticamente " (vocabolo quest'ultimo che deriva da "Ermes").
Per dimostrare tendenza alla purezza solare dei loro re, gli egiziani fecero costruire le piramidi sopra le tombe dove i re vennero sepolti.Il quadrato, ottenuto combinando i quattro triangoli equilateri che simboleggiano i quattro elementi, rappresentava la base della piramide mentre i lati che correlano la base al vertice in direzione del sole, rappresentarono la "rettificazione", cioè il simbolo della purificazione espressa come tendenza alla elevazione della terra. Più il re era potente e di valore, più elevata doveva essere la sua piramide.
I miti ed i simboli della alchimia sono stati sempre correlati principalmente alla purificazione dei metalli seguendo il principio detto del "Solve e Coagula" (dissolvi e solidifica), utile anche per la produzione di coloranti di profumi e di medicamenti; artigianali già sviluppate all'epoca delle antiche popolazioni Assiro-Babilonesi.
Il simbolismo di ogni trasformazione alchemica fu concepito nell'ambito della idea che l'uomo, che è parte della natura, proponendosi il ruolo di ordinatore del tempo dello sviluppo naturale, potesse aiutare, la natura ad accelerare i tempi di evoluzione prestabiliti dagli influenze celesti. L' "opus Alchemico" sintetizzato nella frase "pensa agendo ed agisci pensando", fu infatti considerato come "la levatrice delle trasformazioni vitali della natura" proprio in quanto gli alchimisti ermetici ritennero che qualora venisse scoperto il segreto, detto della "Pietra Filosofale" o principio di purificazione di tutte le qualità, ciò avrebbe permesso di "trasmutare" tutti i metalli in oro puro a partire dallo stato di materia imperfetta.
Infatti le sostanze che compongono l'universo vennero considerate, potenzialmente "oro", ma temporalmente esistenti in varie fasi della loro purificazione che, naturalmente senza l'intervento dell'Opus Alchemica, si sarebbe realizzata in tempi indefiniti.
La Pietra Filosofale è stata quindi considerata il mistero da scoprire, che di fatto è quello della intelligenza della natura, da assecondare per accelerare i ritmi temporali della trasmutazione verso la perfezione.Si disse pertanto negli scritti Alchemici "nessun uomo all'interno di una barca può ostinarsi a svuotare il mare", volendo indicare come l'uomo armato di sola ragione è impotente di fronte al mistero occulto della purificazione alchemica, proprio in quanto il pensiero razionale non è in grado di cogliere l'essenza intelligente della propria natura ovvero della "Pietra Filosofale".
L'intuizione Alchemica di base risiede in una prospettiva cosmologica globale che correla i metalli al cielo ed ai pianeti; pertanto ogni trasformazione, al di là delle apparenze, non è di natura caotica e casuale in quanto è favorita dagli influssi intelligenti ("energheja") del cielo sulla terra. Pertanto nella tradizione della Alchimia Metallifera piombo, ferro, stagno, rame, mercurio, sono soggetti alla corruzione, mentre due, (argento, oro) sono incorruttibili, cioè rispettivamente meno e non soggetti al decadimento fisico prodotto dal tempo.
La maggiore o minore perfezione gli alchimisti ritennero che dipendesse dallo stato di maturità qualitativamente raggiunto. Solo l'oro sarebbe il risultato ultimo di una scala di perfezione che tutti i metalli potevano raggiungere in seguito a "trasmutazioni". Si pensò inizialmente che le "trasmutazioni" sarebbero state il risultato di un gran numero di trasformazioni progressive frutto del miglioramento cognitivo dell' Opus Alchemica nonché dall'influsso benevolo degli astri nel cielo.
Nel "Libro dei sette capitoli", attribuito ad Ermete le fasi di ciascuna trasformazione sono descritte come fasi di transizione che vennero associate alle influenze del sole, della luna e dei cinque pianeti visibili ad occhio nudo.La fase iniziale di ogni trasformazione venne considerata protetta da Mercurio (Argento vivo) che fu considerato il solvente per eccellenza. Infatti si sapeva che il mercurio scioglie anche l'oro e l'argento formando con tali metalli delle amalgame liquide. Si ricorda che gli antichi artigiani alchimisti purificavano l'oro e l'argento sciogliendoli con mercurio dalla terra impura e poi con il fuoco allontanavano il mercurio estraendo oro ed argento puri, da impurità ed anche dalle leghe con altri metalli.
Proprio sulla base di tali procedimenti sperimentali già da vari secoli a.C. si conosceva che il Mercurio (principio passivo Femminile perché senza forma) scioglie lo zolfo giallo (considerato come principio maschile o fuoco solido), dando origine al cinabro (di colore rosso - detto sangue matriciale; Mercuro e Solfo si imparentavano nel così detto matrimonio Alchemico). Alla fase iniziale di ogni trasformazione che serviva a dissolvere la sostanza allo stato embrionale in "materia prima", succedevano tre fasi dette di "espansione";
la prima, protetta da Saturno, (pianeta correlato al Piombo), che veniva detta fase di "NIGREDO", cioè dello scioglimento o della macerazione apparentemente caotica; protegge la seconda fase (detta di "RUBEDO" per la temperatura del "calor rosso" raggiunta dai metalli riscaldati dal fuoco nel forno Alchemico), il pianeta Giove (associato allo Stagno); la terza fase detta "ALBEDO" corrisponde al massimo del calore e della lucentezza del metallo ed aveva la protezione della Luna (associata all'Argento). Poi succedevano altre tre fasi di "contrazione e raffreddamento", che furono considerate rispettivamente sotto la protezione di Venere (Rame), di Marte (Ferro) e infine del Sole (Oro e/o solfo).
È importante considerare alcuni elementi della saggezza Alchemica, che hanno condotto questo particolare atteggiamento mentale a sopravvivere, con più o meno elevata fortuna, in tutte le epoche nell'immaginario collettivo umano, traversando civiltà così profondamente diverse dell'oriente e dell'occidente.
Hanno contribuito a tale longevità del pensiero Alchemico :
a) la dimensione bipolare, complementare, interattiva, di ogni concetto, fondata sul modello primitivo della coppia "YIN-YANG"; in tal modo l'Alchimia distinse come complementari i concetti interpretativi del divenire, non separando mai le relazioni tra qualità e quantità, tra forma e sostanza o tra spirito e materia.
b) La fiducia della creatività dell'uomo nel forzare i segreti della natura al fine di far precipitare i ritmi temporali per il raggiungimento della perfezione "a-temporale".
c) Il contesto evolutivo cosmologico e globale che si attua in un tempo irreversibile, in cui tutto cambia eccetto il mutamento, in modo guidato da una natura complessivamente intelligente di cui l'uomo è integralmente partecipe.
d) L'idea cosciente della necessità di conoscere sia esteriormente che interiormente all'uomo per penetrare nella scoperta progressiva del mistero della natura, così da realizzare l'evoluzione delle conoscenze umane, in seguito al miglioramento delle due componenti dell' EGO interiore dell'uomo, la cui intelligenza è correlata a due fattori;
1°) "l' intuito" che è simbolizzato dal sole e dalla rarità e purezza dell'oro;
2°) "la ragione", quest'ultima ha come simboli alchemici Saturno ed il Piombo.
Pertanto gli alchimisti non fidandosi della ragione fondata sulle conoscenze già acquisite, ritennero che i simboli fossero fortemente espressivi in quanto trascendono la parola e stimolano l'intuito, pertanto apprezzarono il ricorso a processi intuitivi come la "Cabala", proprio in quanto essi considerarono più importante la attività sperimentale, che quella cognitiva; giudicarono infatti come ,"Brucia Carboni" i saputelli capaci di sfoggiare cognizioni, che all'atto pratico non promuovevano nulla di nuovo, sperimentalmente utile.
Per le peculiari caratteristiche sia di intuito e fantasia che di praticità, tra gli Alchimisti si annoverarono anche molte donne, tra esse famose nell'antichità furono ad esempio, Cleopatra e Maria l'Ebrea (quest'ultima è rimasta rinomata per aver ottenuto vari nuovi prodotti regolando la temperatura di reazione in un bagno di acqua, infatti ancora oggi tale metodo di riscaldamento è detto "a bagno Maria").
E da notare infine che gli Alchimisti considerarono i bambini più puri nelle loro capacità intuitive dei grandi, proprio a causa delle lacune cognitive, evidenti nelle conoscenze umane qualora vengono commisurate con il fine di raggiungere la perfezione.